1.- ¿ Entonces la gastritis atrófica se recupera o el estómago ya se queda así para siempre ?. Con los irritantes si que voy con cuidado, porque ya tengo detectados que me sientan mal, café incluso el descafeinado, tabaco, alcohol, citricos, tomate, de los lacteos no estoy seguro pero creo que tampoco me caen muy bien.
A mí por ejemplo me sentaba horriblemente el chocolate mientras tuve la HP, y como a los dos meses de erradicarla ya pude volver a tomarlo, y poco después, el café

La gastritis atrófica la sigo teniendo, pero en un grado mucho más pequeño. No asimilo bien el hierro, pero yo sí que tenía zonas de metaplasia. En tu caso ya te digo, con mimar un poco las mucosas es probable que se te vaya recuperando. El tomate puede causar acidez o ardor mientras aún tengas la HP, después quizá sólo la piel sea la que te de problemas (tarda en digerirse).
2.- ¿ La Helicobacter Pilori tambien puede ser la culpable de la atrofia en el intestino, o solo afecta al estómago ?, ya llevo con dieta sin gluten por mi cuenta algunos años, por lo que no creo que estas atrofias actuales ya tengan relación con el gluten.
La HP es una comensal habitual del cuerpo humano, allá donde prolifere en exceso, pues sí, puede causar molestias. Si llevas una temporada ya con ella, puede haberte causado irritación, aunque se relaciona más con daños en el aparato digestivo alto (vamos, estómago-esófago) que no en el bajo (colon)
Hay una cosa curiosa (creo), y es que hace 2 años estuve ingresado por una peritonitis, durante 3 semanas, ahí después de operarme de urgencias, me tuvieron con medicamentos intravenosos durante esas 3 semanas, y salí de maravilla, esas molestias de estómago me desaparecieron, también las intolerancias a los azúcares, frutas y el estreñimiento. Cuando me fuí para casa estuve bastante bien durante las 2-3 primeras semanas, luego volví a empeorar. Mi duda es si toda esa megadosis de antibióticos que me dieron por la peritonitis, pudieron actuar también sobre la Helicobacter Pilori
El protocolo para Helicobacter incluye un antibiótico de muy amplio espectro, como puede ser la Amoxicilina (y que posiblemente fuese algo similar lo que te chutasen en el hospital) pero a la vez hay que tomarse un Antiflagelado, estilo Flagyl, y el Omeprazol, las 3 cosas juntas durante 7 o 14 días. Puedes haber mejorado porque el antibiótico de amplio espectro acabó con otra flora mala que tuvieses proliferando en exceso, pero la helicobacter sólo bajase un poquito y aún así te encontrases mucho mejor. Date cuenta que el bioma es un equilibrio un tanto precario, si una bacteria mala sube y las buenas están también muertas (el antibiótico no diferencia, las mata todas), puede haber una mejoría temporal pero que a la larga sea peor porque tu cuerpo pro sí mismo no puede combatir la Helicobacter Pylory.
El orégano, pomelo y demás pindunflas va a ser dejarte la pasta a lo tonto. Si quieres algo probado científicamente, mucho más barato y en tu supermercado: el sulforofano del brócoli la universidad John Hopkins ha demostrado que puede contribuir a reducir y combatir los niveles de HP. Quizás te de pedos, porque es pariente de la coliflor
Con una gastritis no recomendaría ni de broma hincharse a ajo crudo

Cosillas más suaves que se suelen recomendar pa la gastritis y reducir los ardores son por ejemplo el zumo de aloe vera puro (si lleva limón como conservante, malo pa la gastritis; si lleva pulpa, es laxante; así que el zumo purificado), un chupito en ayunas y otro antes de cada comida. También el Kuzu, un almidón japo que hoy día en herbolarios topas, ayuda a reducir el ardor, asentar el estómago y minimizar la diarrea. Otro clásico es la glutamina, que ayuda a recuperar el epitelio intestinal, regenerando un tanto las paredes de nuestro sistema digestivo, aunque no provoca efecto ipsofacto ni se notará en la reducción de dolor a corto plazo. El Omega3 ayuda a reducir las citoquinas inflamatorias, así que en situaciones de gastritis, colitis, etc puede venirte bien (además también sube el colesterol bueno

).
Algo que te aviso y se me olvidaba: con una gastritis de ese tipo en ocasiones te pueden causar un huevo de daño los anti-inflamatorios estilo Ibuprofeno, paradójicamente, aunque sea una inflamación lo que tienes. Con cambiarlo por paracetamol ya está.
No sé en qué CCAA andas, depende de los protocolos tu médico de cabecera puede ver el resultado de la prueba solicitada por el especialista, máxime aún en una prueba tan fácil de interpretar como un test de aliento o una gastro. Si no te cogen el teléfono (a las 6 de la tarde en Agosto me parece normal que no informen gastros, llama por la mañana), siempre puedes ir a Atención al Paciente de tu hospital y solicitar allí con tu DNI y tarjeta sanitaria que te den el informe que necesitas para una segunda opinión o lo que tú quieras.